Rośliny w Pieninach wapienne podłoże, brak zlodowaceń, wyjątkowe zróżnicowanie mikroklimatyczne oraz geomorfologiczne,bliskie sąsiedztwo wapiennych pasm słowackich oraz Tatr i związana z tym dość duża łatwość migracji roślin pomiędzy pasmami oraz niewielka wysokość pasma zadecydowały o dużym urozmaiceniu szaty roślinnej w Pieninach. 

Obok zbiorowisk leśnych spotyka się tu zbiorowiska piargowe i naskalne, ponadto związane z działalnością człowieka zbiorowiska półnaturalne, takie jak łąki czy pastwiska. Na obszarze Pienin występuje około 400 gatunków glonów, 1100 gatunków roślin naczyniowych, 350 gatunków wątrobowców / mchów, 1200 gatunków grzybów, 480 gatunków porostów. 

Obszar Pienin wyraźnie wyodrębnia trzy podstawowe kompleksy środowiskowe, różniące się głównie charakterem roślinności:

- stoki północne, na których dominują mezofilne lasy bukowo-jodłowe, a także łąki i pola,
- dolina Dunajca oraz większych jego dopływów, Krośnicy i Grajcarka, pozbawione obecnie na znacznych przestrzeniach swych naturalnych zbiorowisk roślinnych, przede wszystkim lasów łęgowych, znaczne obszary dolin zajmują osiedla, łąki, pastwiska oraz pola uprawne,
- stoki południowe są silnie nasłoneczniane, w dużej części zajęte przez naturalną roślinność naskalną oraz ciepłolubne lasy jodłowo
- bukowe, a także grunty orne i suche pastwiska.

W Pieninach występują endemity - gatunki spotykane tylko w tutaj: pszonak pieniński, mniszek pieniński oraz odmiany endemiczne: chaber barwny, rozchodnik ostry odmiana wapienna, bylica, piołun odmiana wapienna. Przetrwały na terenie Pienin relikty - rośliny, które występują na swoich stanowiskach z wcześniejszych okresów geologicznych, żyjąc w izolowanych populacjach znacznie oddalonych od zwartych areałów występowania gatunku: jałowiec sawina, dębik ośmiopłatkowy i tzw. chryzantema Zawadzkiego.

 Żródło www.pieninypn.pl fot. s.m.art